EUDEL es una asociación autónoma. La Ley 7/85, de Bases de Régimen Local posibilita que las Entidades Locales puedan constituir asociaciones tanto de ámbito estatal como autonómico. Así mismo, señala que los Territorios Históricos continuarán conservando su régimen especial en materia municipal en lo que afecta al régimen económico-financiero en los términos de la Ley de Concierto Económico.

La Organización Política de EUDEL se estructura en Asamblea compuesta de Socios Titulares y Socios Correspondientes. A su vez se compone de una Comisión Ejecutiva de ámbito autonómico compuesta por 15 miembros y tres Comisiones Territoriales, una por cada Territorio Histórico, compuesta por 9 miembros cada una de ellas.

Con relación a la Organización Técnica EUDEL está compuesto por un Presidente, una Dirección General, Una Jefatura de Servicios y por la áreas técnicas de Urbanismo y Medio Ambiente, Cultura, Euskera y Deportes, Función Pública y Personal, Hacienda y Finanzas, Asuntos Sociales, Asuntos Europeos y por último un área de Prensa y Relaciones Públicas.

En lo que se refiere a la Organización Interinstitucional del ámbito de la Comunidad Autónoma EUDEL forma parte del Consejo Municipal de Euskadi con una representación de seis miembros, en la que a su vez participan y están representadas las Diputaciones Forales y el Gobierno Vasco, con otros 6 representantes cada uno de ellos.

Además de lo anterior, EUDEL participa de los tres Consejos Territoriales de Finanzas (uno por cada Territorio) con 5 representantes.